孕50天有褐色分泌物可能是先兆性流产的情况，也可能是由于孕酮比较低的原因导致，另外也不排除是宫颈炎症导致的可能性，需要根据具体情况来改善和调理。
1、先兆性流产：如果在怀孕50天的时候没有做好自身的护理工作或者是剧烈运动，就有可能会导致患者出现褐色分泌物的情况，这主要是由于先兆流产的原因导致。需要及时到妇科医院做腹部B超检查，并配合医生通过服用保胎丸的方式来保胎治疗。
2、孕酮比较低：如果女性在怀孕期间出现了孕酮值比较低的情况时，就有可能会导致下体出现褐色分泌物的情况，也可能会导致腰酸背痛情况的发生，需要及时配合医生通过服用黄体酮的方式来补充孕酮，这样才可以改善怀孕期间女性的不适情况。
3、宫颈炎症：如果孕妇本身就有宫颈炎症的情况时，可能在怀孕后由于炎症刺激的原因，而导致阴道分泌物增多情况的发生，也就可能会出现褐色分泌物的情况。在出现这种情况时，一般需要及时配合医生，通过使用消炎类的药物来达到改善的效果。