阴茎内部有点隐痛一般是睾丸炎引起的，也不排除是出现了附睾炎，如果患有尿道结石也会伴随着有阴茎内部疼痛的症状。男性阴角内部疼痛的原因特别多，每个人的原因会有些不太一样，如果在生活当中出现了阴茎内部有隐隐作痛的症状，需要及时到医院就诊，让专业医生做出具体的诊断和治疗，然后才可以选择有效的方式使疾病尽快得到恢复。
1、睾丸炎：睾丸炎是男性生活当中比较常见到的一种疾病，是睾丸内部长时间受到炎症感染引起的，也会伴随着阴茎内部有隐痛的症状，多数需要遵医嘱服用消炎药物，比如头孢克肟和阿莫西林。
2、附睾炎：如果男性在平时生活当中出现了阴茎内部有隐隐作痛的症状，也需要到医院检查，部分患者是出现了附睾炎，也是因为炎症引起的，可以根据医生的叮嘱服用头孢氨苄和阿奇霉素等药物治疗。
3、尿道结石：男性在生活当中没有养成良好饮食习惯，经常吃一些含碳酸钙比较高的食物，很容易引起尿道结石，尿道结石在排尿的时候会有一些小结石到达尿路内，所以阴茎部位会有疼痛的情况，必要时可遵医嘱服用排石颗粒。