肛门里面长肉疙瘩可能是内痔、直肠息肉、肛乳头瘤等因素导致的，需要明确原因进行针对性治疗。
1、内痔：内痔是发生在肛管齿状线以上的直肠末端黏膜下，表现为疼痛、瘙痒、肛门坠胀感以及痔核脱出，从而引起肛门里面长肉疙瘩。可以在医生指导下使用痔疮栓、痔疮膏、槐角丸等药物改善，必要时需要通过质切除术、吻合器痔上黏膜环形切除术等方法治疗。
2、直肠息肉：直肠息肉是直肠黏膜表面隆起性病变，经常会引起便血、里急后重感、息肉脱出、黏液便等症状，从而出现肛门里长肉疙瘩。如果息肉比较大，需要通过肠镜下手术、微创或传统手术治疗。
3、肛乳头瘤：肛乳头瘤是发生在肛管的良性肿瘤性疾病，经常会引起疼痛、肛门瘙痒、排便不尽以及肛乳头脱出，因此会导致肛门里面长肉疙瘩。可以在医生指导下使用头孢克洛胶囊、盐酸左氧氟沙星片、头孢克肟胶囊，同时局部使用盐水灌洗清洁肛管。
除了以上原因也可能与肛周脓肿的情况有关，具体原因需要到医院就诊检查，然后对症治疗。