怀孕四十天有褐色分泌物可能是妇科炎症性的病变所造成的，也可能与先兆性流产有关，也不排除是性生活所引起。
1、妇科炎症：再出现阴道炎或盆腔炎、子宫内膜炎等炎症性病，都有可能会导致阴道不规则出血或者是有褐色分泌物排出，还会伴有白带量增多和白带异常，也会造成白带呈豆腐渣状以及有血性的白带排出，并有外阴瘙痒和外阴有异味等症状出现。可以到医院通过白带常规的方法来做检查，在确诊之后可通过口服甲硝唑片和头孢克肟钠片来做治疗。
2、流产：怀孕40天属于孕早期，如果做了剧烈的运动或者重体力劳动，以及体内的孕酮不足时，都有可能会造成先兆流产，也会导致阴道有出血的症状，并伴有褐色分泌物排出。这种情况下需要及时到医院做保胎治疗，可以通过口服黄体酮胶囊或者肌肉注射黄体酮来做治疗。
3、性生活：在怀孕40天的时候，如果性生活就有可能会对子宫造成一定的刺激，而且可能会造成子宫强烈的收缩，从而引起阴道有少量出血的情况。可以先观察一段时间，如果出血量少一般是不需要做特殊治疗。