小便时尿道刺痛可能是淋病、非淋球菌性尿道炎、前列腺炎等因素造成的，需要到当地正规的医院进行相关的检查，然后根据不同的病因选择合适的治疗方法。
1、淋病：淋病是平时生活中常见的一种疾病，会导致患者的尿道口部位出现大量稠厚脓性分泌物，在小便的时候就会引起尿道刺痛的情况。患者可以在医生的指导下，通过使用注射用头孢曲松钠、注射用盐酸大观霉素、注射用头孢噻肟钠等药物来进行治疗。
2、非淋球菌性尿道炎：非淋球菌性尿道炎主要是衣原体和支原体感染所引起的一种疾病，这种疾病会导致患者的尿道口部位长时间受到炎症刺激，在小便的时候伴随着疼痛感。患者需要在医生的指导下选择四环素片、盐酸多西环素肠溶胶囊、阿奇霉素干混悬剂等药物治疗。
3、前列腺炎：前列腺炎疾病的患者，在清晨或者是排尿以后，会有少量的分泌物，甚至会挤压患者的尿道，诱发少量灰白色黏液或粘性分泌物。