三个月脑干听力未通过可能是有先天性听力问题。
新生儿三个月出现脑干听力未通过的情况时，要在一个月内及时到医院复查听力，到时还需要做耳部的全面检查，明确病因后再对症治疗，比如对于腭裂合并听力损失引发的该症状，可以先加强孩子营养，孩子到一周岁左右考虑做腭裂修补术治疗，通常能使听力损失的症状得到很好的改善，如果一周岁前孩子完全没有听力，就需要佩戴助听器，防止孩子长时间听力丧失，影响孩子的语言认知发育。
脑干听力也就是脑干听力筛查，首先在颅顶或乳突部位放置记录电极，然后给予刺激声信号，记录人体的反应，根据反应判断病情，是一种比较准确且客观的听力测试方法，不会受到被筛查者的意志及意识状态影响，主要用于筛查新生儿听力以及鉴别器质性与功能性耳聋，还可以用于诊断桥小脑占位性病变、评估脑干功能以及脑死亡的判别等。
平时要跟孩子多交流，保证充足的营养摄入以及睡眠时间，有针对的训练孩子对声音的感知，有利于孩子听力的发育。