5个月宝宝大便有黑线有可能是消化不良的原因导致，可以在医生指导下使用促消化和调理肠道菌群的药物治疗。
5个月宝宝的肠胃通常比较娇嫩，长时间饮食过饱或是饮食不当情况下容易引起消化不良，容易使宝宝身体出现排便次数增多或是引起肚子胀气，还可能会引起大便有黑线或者大便颜色改变，严重时还可能会引起拉肚子等多种的症状，同时可能会使宝宝出现食欲不振或是容易哭闹等不良的症状。一般可以在医生指导下使用益生菌和乳酸菌素片药物治疗和调理，有调节肠道菌群平衡和促消化的作用，有利于缓解宝宝出现了大便异常症状，还有利于排便恢复到正常的状态，防止消化功能受到影响和防止病情程度加重。
治疗期间通常可以通过少食多餐的方式喂养，有利于宝宝肠胃吸收和消化以及利用还有利于防止肠胃的负担加重改善身体出现的排便异常和腹部不适等多重的不良反应，治疗期间症状没有减轻或是加重，需要及时到医院完善大便常规等相关检查，有利于病因查找和病情治疗。