毛囊虫需要做好日常清洁，然后结合外用药物以及口服药物来做治疗，才能达到彻底根治的效果。
1、日常清理：毛囊虫主要指的是虫卵寄生在毛囊当中所造成的，可能是出现了螨虫感染。螨虫是生活在生活区的各个环境当中，尤其是床单被罩上面有螨虫的情况下，就有可能会造成毛囊虫反复感染的症状，所以要把床单被罩及时做消毒处理，还需要放在太阳底下暴晒，能够避免再次出现感染的症状。还需要把脸部清洁干净，在清洁脸部的时候，可以使用硫磺皂来洗脸，也能达到杀灭螨虫的效果。
2、外用药物：毛囊虫可能会对皮肤造成刺激，也可能会引起毛囊炎症，而且还会导致毛囊出现肿胀感以及疼痛感。在出现这种问题之后，需要通过使用消炎的软膏来涂抹，比如红霉素软膏或者是环丙沙星软膏，可起到消炎和抗感染的作用，也能使皮肤尽快的恢复。
3、口服药物：毛囊虫感染症状比较严重的人群，比如出现了脓性分泌物渗出以及比较大的脓包，就需要通过口服药物来做治疗。可以通过口服头孢克肟分散片或者是阿莫西林胶囊等药物来做改善。