药流后咖啡色分泌物主要是孕囊绒毛膜血管破裂属于正常现象，另外也有可能是宫腔中有残留或者产生了妇科疾病。
1、孕囊绒毛膜血管破裂：药流主要是口服药物来终止妊娠，在口服药物以后，可能让宫颈成熟然后孕囊排出体外，身体中的激素水平下降，孕囊绒毛膜血管破裂会产生褐色的分泌物，属于常见的恶露，通常不需要特殊处理，大概会持续10天左右。
2、宫腔残留：如果阴道长时间出现特色的分泌物或者持续的时间比较长，可能是没有流干净，宫腔中的孕囊有残余的组织，需要及时到医院进行B超检查，一般可以选择清宫的方式来进行治疗，避免导致宫腔感染。
3、妇科疾病：如果出现了外阴阴道假丝酵母菌病，可能也会导致阴道褐色分泌物增多，而且还会伴随着阴道瘙痒或者烧灼，可以到医院进行白带常规检查，选择阴道给药来治疗，可以抑制细菌的滋生，调节阴道菌群再平衡的状态。
要注意到局部的卫生，保持干燥和清洁，短时间的不能盆浴或者是坐浴。