怀孕40天出血还肚子疼可能是先兆流产或者是宫外孕，也不排除是胚胎停孕的因素所造成，需要及时去医院做腹部彩超检查，采取保胎药物治疗，也可以通过手术的方式改善。需要做好自身的护理，避免过度劳累。
1、先兆流产：怀孕40天属于是孕早期，如果做了一些剧烈性运动，或者长时间处于紧张焦虑状态下，可能会引起先兆流产，伴随着阴道流血以及腹部疼痛的症状发生，要去医院通过做彩超检查观察妊娠囊，也需要通过做手臂抽血检查，观察血液里面的人绒毛膜促性腺激素水平，如果出现了先兆流产，需要及时采取保胎药物治疗，比如选择黄体酮。
2、宫外孕：宫外孕通常是指胚胎卵着床到了子宫以外的部位，比如输卵管部位在做腹部B超检查的时候，宫腔内没有妊娠囊，但是在做人绒毛膜促性腺激素水平时，数值会持续性升高，如果出现了宫外孕需要及时采取人工流产手术的方式终止妊娠，避免会引起大出血。
3、胚胎停孕：胚胎停孕一般需要通过做抽血化验孕酮以及人绒毛膜促性腺激素水平，同时要结合彩超检查确诊，如果出现了胚胎停育时，需要及时终止妊娠，可能是在接触了一些放射线的因素所引起，也不排除是胚胎的质量有问题。