漫性乙状结肠炎的发病原因有四种:
感染：漫性乙状结肠炎的临床表现和临床症状与一些乙状结肠感染病症(如细菌性痢疾)类似，因此有的人觉得感染是该病的发病原因。在病菌、细菌和病毒感染等多种多样要素中，现阶段的研究表明病毒感染的可能性很大。
自身免疫作用：数学课者觉得漫性乙状结肠炎归属于本身免疫系统疾病。由于该病高并发免疫性疾病(如本身免疫系统疾病溶血性贫血)者较多，肾上腺生长激素能使病况减轻，在一部分病人的血细胞中可查出抗乙状结肠鳞状上皮细胞抗原，因此觉得该病的产生可能与自身免疫反映相关。
精神要素：有些人觉得精神要素在病发中起一定功效，病人多有一些性格特点，针对日常生活大事件的心理状态承受力和适应能力差，属心身疾病一类，心身疾病注重内心要素在病症的产生或现病史中起关键功效。
基因遗传要素：漫性乙状结肠炎的血缘关系家中患病率较高，溃疡性结肠炎患者的直系血缘关系家属中，约15-30%的人病发。