脚指头缝里长疙瘩一般是足癣、毛囊炎、鸡眼等皮肤疾病引起的，需要通过药物或者手术等方法治疗，到医院检查判断。
1、足癣：可能是感染真菌引起的，导致脚趾头缝有透明水疱，还会伴有疼痛或者瘙痒症状。需要在医生指导下使用复方克霉唑软膏、盐酸特比萘芬乳膏、伊曲康唑胶囊等药物治疗。
2、毛囊炎：可能是个人卫生不良导致细菌侵入引起毛囊炎症，导致局部长红色疙瘩，还会伴有疼痛症状。需要遵医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物治疗。
3、鸡眼：有可能是经常受到外界摩擦，导致局部皮肤出现良性增生物，走路的时候还会出现疼痛症状。如果病情比较严重，需要进行鸡眼挖除手术治疗。
除此以外，也可能是跖疣、囊肿或者脂肪瘤等疾病引起的。尽量穿宽松透气性好的鞋子，做好个人卫生。