手指甲针孔的小坑可能是营养不良的因素所造成的，也可能是真菌感染所引起，也不排除是指甲受到外伤之后所造成，还需要根据不同的问题原因来针对性的治疗。
1、营养不良：在日常生活中如果经常挑食和偏食，就有可能会导致体内的营养成分摄入不足，也可能会引起维生素和微量元素缺乏的状态，没有办法维持指甲的正常生长和发育，就会导致指甲上面有凹凸不平的情况，也会导致指甲出现发白。可以通过饮食的方法来做调理，在饮食上要多吃一些优质蛋白类的食物，及时补充身体所需要的营养成分。
2、真菌感染：指甲感受到真菌感染之后就有可能会到灰指甲，会引起指甲出现颜色上面的改变，逐渐的变黄和变黑，同时指甲还会发生病理性的改变，会造成指甲萎缩，在一段时间之后也会一块一块的脱落。可以通过使用氟康唑或者是酮康唑乳膏来涂抹。
3、指甲外伤：在指甲受到外力撞击或者是跌打损伤之后，也可能会造成指甲上面有很多的针眼色的小坑，一般在一段时间之后可以自行恢复，通常是不需要做特殊治疗和改善的。