治扁平疣可以通过外用药物来涂抹，也可以通过理疗的方法来做治疗，同时还需要配合药物治疗，才能达到完全感染的效果，也能避免病情反复出现。
1、外用药物：扁平疣可以通过使用外用药物来涂抹，可以通过使用维a酸类的软膏和他他扎罗汀乳膏来涂抹，再通过一段时间之后，能够达到去除扁平疣的效果。
2、理疗：扁平疣也可以通过理疗的方法来做改善，比如通过激光或者冷冻的方法治疗，这两种方法在作用于皮肤之后，能够达到让扁平疣逐渐萎缩的效果，这一段时间之后也会失去营养并脱落下来，是目前去除扁平疣有比较有效的一种措施。
3、药物治疗：扁平疣是由于HPV病毒感染所引起的一种疾病，在治疗期间还需要配合注射干扰素的方法来达到抑制体内病毒复制的效果，避免体内病毒增多之后对身体健康造成危害。
扁平疣是有一定传染性的，在性生活的过程中就有可能会导致交叉感染，同时还有可能会通过间接性的接触和血液接触来传染，所以必须要做好相应的隔离措施。