小男孩阴茎小便疼可能是受到了细菌感染引起，也可能是发生了皮肤过敏导致。需要及时到医院泌尿外科，通过医生做检查以及治疗。
1、细菌感染：如果平时没有做好个人阴茎的清洁卫生，或者是包皮过长，也有可能会导致局部发生细菌感染，从而引起在小便时出现疼痛。如果疼痛不是很严重，家长要密切观察孩子的阴茎，可以使用温开水清洗，随着时间会得到有效的缓解，如果疼痛比较严重，需要及时到当地正规医院泌尿外科，做一个尿常规以及尿培养检测，可以明确病情情况以及尿路感染原因。如果确诊是尿路感染引起，可以在专业医生的嘱托下，口服消炎的药物来缓解症状。
2、皮肤过敏：一般情况下孩子的皮肤会比较的脆弱，而且身体的免疫力会比较的低下，如果受到了外界的刺激，或者是吃了一些刺激性的食物，可能会引起皮肤过敏，导致小便时出现疼痛。患者可以去医院儿科，做一个血常规检查，那可以明确过敏的原因，根据检查结果，在医生的指导下口服抗过敏消炎药物来缓解症状。