肠道菌群失调就是指因为某类原因（如药物滥用），一切正常有益菌中各种各样微生物菌种的类型和总数可产生很大的转变。肠道菌群失调（dysbacteriosis）就是指机体某位置一切正常有益菌中各菌苗间的占比产生较大幅转变而超过一切正常范畴的情况，从而造成的症状，称之为肠道菌群失调症或有益菌更替症（microbial selection and substitution）。
肠道菌群失调时，多造成二重感染或重合感染（superinfection），即在原发性感染的医治中，发生了另一种新病原菌的感染。肠道菌群失调的产生常见于应用抗生素和漫性活动性肝炎等。临床医学上长期性很多运用抗真菌药物后，大部分敏感菌和一切正常有益菌被抑止或消灭，但耐药菌则得到 存活优点而很多繁育发病，如抗药性橙黄色葡萄球菌造成腹泻、败血症，对抗生素不比较敏感的白假丝酵母菌造成鹅口疮、阴道炎、肠胃和肛门口感染。
依据失衡的水平分成三度：
（一）一度失衡：只有从病菌定量分析查验上发觉其转变，临床医学上无显著主要表现。在发病原因终止后，没经医治可自主修复。
（二）二度失衡：除去发病原因后不可逆。在临床医学上主要表现为慢性结肠炎、漫性肾盂肾炎、漫性口腔炎或咽峡炎等。
（三）三度失衡：原先的一切正常有益菌绝大多数被抑止，仅有在其中的极少数菌苗变成优点菌，出現亚急性临床症状，乃至病况危险。如难分梭状芽胞链球菌造成的抗菌药关联性腹泻（抗菌药关联性肠炎、伪膜性肠炎）及其真菌性肠炎等。又被称为有益菌更替症或二重感染。
三度肠道菌群失调如果是产生在住院治疗期内，且与住院治疗后应用抗菌药相关，则归属于院中感染；如果是患者在院外运用了很多抗菌药，住院后出現了三度肠道菌群失调，则不属于院中感染。