生殖器官长了小肉粒可能是出现了病毒感染，也可能是没有做好个人护理工作，也可能是不良性生活导致。
1、病毒感染：如果自身免疫力和抗病能力比较低下的时候，可能会导致生殖器官部位出现病毒感染，从而会有生殖器官长小肉粒的情况下，可能伴随着局部瘙痒疼痛等。可以选择利巴韦林抗病毒药物治疗，抑制病毒繁殖，达到修复效果。
2、没有做好个人护理：日常生活期间，如果没有做好局部的清洁护理工作，使用温热水清洗局部或者是没有及时更换内裤，导致局部容易出现细菌或者是异常情况的发生，从而会在生殖器官中出现小肉粒。需要选择高锰酸钾溶液兑水清洗局部，达到消炎效果，也要及时更换内裤，保持局部清洁。
3、不良性生活：如果采取了高危性生活或者是有多个性伴侣，没有做好防护工作，可能会出现性传播疾病的发生，从而会有生殖器官长小肉粒的迹象。需要配合医生完善多种检查，明确诊断病情，然后配合医生服用阿昔洛韦以及阿莫西林药物达到抗炎抗病毒作用。