新生儿两性畸形可能是因为染色体异常所引起，也可能是基因突变或者环境因素所导致，需要根据个人情况选择合适的治疗方法。
1、染色体异常：在胎儿发育时期，由于遗传和怀孕用药不当会导致染色体丢失或变异，导致染色体异常，从而引起新生儿两性畸形。
2、基因突变：新生儿两性畸形存在基因异常，可能遗传父亲、母亲，也可能在精子卵子结合成受精卵后，发生基因突变，从而导致胎儿基因问题。
3、环境因素：在怀孕期间如果接触不良的环境，比如接触射线或塑化剂，容易使胎儿发育异常，从而引起新生儿两性畸形。
新生儿两性畸形可以根据自身的情况进行男性外生殖器整形手术、女性外生殖器整形手术治疗。