新生儿肛门疙瘩可能是不注意局部卫生引起的，也有可能是出现了肛门湿疹造成的症状，要针对具体情况对症治疗。
1、不注意局部卫生：新生儿的皮肤一般都比较娇嫩，在平时排完大便之后，如果没有及时的用温水清洗，卫生护理工作做的不大到位，可能会影响到皮肤的代谢功能，甚至还会伴随长疙瘩的症状；
2、肛门湿疹：肛门湿疹属于肛肠科当中比较常见的一种疾病，主要与肛门局部过度的潮湿有着较大关系，尤其是新生儿长时间穿着尿不湿，很可能会导致局部通气功能不好，出现肛门湿疹的症状，伴随明显的瘙痒以及长疙瘩等，甚至局部还会发红肿胀。
需要去医院肛肠科做相关检查，确诊是肛门湿疹之后，要在医生指导下合理使用一些抗菌类的药物做治疗，比较常用的药物有氧化锌软膏和艾洛松，另外也可以配合高锰酸钾溶液坐浴，能够起到消炎和杀菌的效果，但是在坐浴的时候还要注意浓度，不可以让浓度过高，避免对肛门部位的皮肤造成刺激感，影响到正常的恢复以及好转。