大脚趾指甲边缘疼流脓多数是甲沟炎疾病所致，还有可能是灰指甲原因，需要到医院进行检查诊断，明确具体原因针对性治疗。
1、甲沟炎：甲沟炎多数是病原微生物感染，导致甲周围组织炎症引起的，可能是指甲受到创伤或者长期不良修剪指甲引起的，会导致继发细菌感染引起甲沟炎疾病。表现为局部发红或者肿胀，也会伴有化脓现象，也可能会导致指甲肥厚或者甲板颜色改变，需根据医生指导，选择外用夫西地酸软膏治疗，也可使用复方多粘菌素B软膏，感染向周围组织扩散，可以选择口服或者注射抗生素药物治疗。
2、灰指甲：灰指甲通常是感染上真菌引起的，可能会导致直接或者甲床受累，从而会产生局部疼痛症状，而且还可能会导致指甲变软或者指甲变脆，引起指甲表面凹凸不平，严重时还可能会产生甲肉分离，如果继发感染多数会引起指甲边缘流脓。可以根据医生指导外用抗真菌药膏治疗，比如咪康唑或者酮康唑，也可以配合口服抗真菌药物，比如益曲康唑，对于甲肉分离比较明显，药物治疗不能改善，需要进行拔甲治疗。