锻炼身体后肩膀痛的原因为：
1、肌肉的张力和弹性的急剧增加，可引起肌肉结构成分的物理性损伤。
2、新陈代谢的增加，代谢废物对组织的毒性增加。
3、肌肉的神经调节发生改变，使肌肉发生痉挛而致疼。
锻炼后24-72小时酸痛达到顶点，5-7天后的疼痛基本消失。除酸痛外，还有肌肉僵硬，轻者仅有压疼，重者肌肉肿胀，妨碍活动。任何骨骼肌在激烈运动后均可发生延迟性肌肉酸痛，尤其长距离跑后更易出现。长跑者可出现髋部、大腿部和小腿部前侧伸肌和后侧屈肌的疼痛，在肌肉远端和肌腱连接处症状更显。在炎热夏天进行极量运动后，除肌肉疼痛外，还可出现脱水、低钙、低蛋白等症状。这种肌肉酸痛的确切原因还未完全清楚。
应怎样减轻或防止
1、锻炼安排要合理。经过一段时间锻炼后，原先出现的肌肉酸痛症的运动量，就较少出现症状了。并且表现有特异性。例如下坡运动锻炼一段时间后能减轻下坡锻炼带来的肌肉酸痛症。
2、局部温热和涂擦药物。锻炼后用温热水泡洗可减轻肌肉酸痛。局部涂擦油剂、糊剂或按摩擦剂也可减轻疼痛。
3、牵伸肌肉的运动可减轻酸疼。牵伸肌肉可加速肌肉的放松和拮抗肌的缓解，有助于紧张肌肉的恢复。这种肌肉牵伸练习也为预防锻炼时的拉伤打下基础。
4、做好锻炼时的准备活动和整理活动。准备活动做得充分和整理运动做得合理有助于防止或减轻肌肉酸痛。