如果是人们经常的使用热敷的方法就可以让巧囊更好的去缓解，可以让自己的病情状况得到一定的改善，不过这只能够起到很好的辅助治疗，并不能够完全去治愈自己的疾病，要想彻底治好还是应该要采取手术和药物相结合的治疗手段，从而让自己的病情症状不会一再的出现恶化的情形。
可采用药物或（和）手术治疗（保守性或根治性）。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。
主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。
手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病最佳的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
病因不清，其组织学发生复杂，不能完全预防。根据可能的病因及流行病学结果，可从以下几方面进行预防：防止经血逆流；药物避孕；防止医源性异位内膜种植。