脑干疼可能是没有休息好或是精神紧张等因素引起的，还可能是颅内病变造成的，不排除是高血压所致。脑干疼属于头疼的一种，并且相对比较常见，需要到正规机构进行相关检查来明确病因。
1、作息不良：如果长时间熬夜，可能会对机体神经递质和激素造成影响，在熬夜后可能会造成体内肾上腺素以及多巴胺分泌减少，而甲状腺素可能会有所升高，过程中可能会对血管收缩功能造成影响，从而引起出现脑干疼的情况；
2、精神紧张：如果长时间处于紧张、焦虑的氛围中，可能会由于交感神经兴奋导致去甲肾上腺素或是前列腺素分泌增多，多数会对血管收缩造成影响，从而造成脑干疼；
3、颅内病变：而引起脑干疼的颅内病变通常是指颅内占位性病变，比如脑内肿瘤、脑脓肿、脑积水等，可能会由于压迫引起慢性头疼，从而出现脑干疼；
4、高血压：如果血压比较高，可能会引起神经系统症状，也可能会使颅内压力升高、脑实质水肿，从而出现高血压脑病，多数会有头晕、视物模糊等症状，还可能会伴随头痛，从而出现脑干疼的情况。