随着咖啡被越来越多的人所了解，人们不在买一些经过加工的咖啡，而是买经过烘焙的咖啡豆回来自己煮咖啡喝，当自己煮咖啡的时候，从开始到介绍的全部过程都是一种享受。虽然自己煮咖啡很享受，但是保存咖啡豆也是需要注意的，如果咖啡豆没有保存好，就会出现品质改变的现象。
以未磨碎的状态来保存咖啡豆
咖啡从磨碎的那瞬间起，其所带有的香气粒子便会开始快速向空中逸散，因此在磨碎后，即使只经过较短的时间，也会有大量香气飘散出去。所以若将咖啡豆磨成粉后保存的话，会发现意式浓缩咖啡机旁边都会有一台磨豆机，这就是为了要尽量保存咖啡的香气，在一磨好咖啡粉后就马上进行萃取，让咖啡香尽可能地融入咖啡中。
保存在没有湿气的地方
烘豆完毕的豆子水分含量通常在1——2%之间，若天气潮湿时便会吸入水分，吸收的水分就会对咖啡产生影响。这种现象被称为“非意料中的提前萃取”，会使咖啡的香气快速变质，且产生不好的气味。
使用密封的容器或包装
虽然说烘好的咖啡豆因为含水量少，所以不会腐坏。但另一方面，因为咖啡是种子作物，所以含有相当高含量的脂肪质，若和氧气接触的话，就会开始发酸腐败。因此尽量使用能隔绝氧气的密闭式容器较好。在保存咖啡时，最重要的便是隔绝光线及外部的空气。基于这个原因，装咖啡的袋子几乎大部分都镀了铝，使袋子能阻隔空气及防止光线透入。
最好的保存方式便是使用镀锡罐头来保存咖啡。
但去到大部分的咖啡专卖店会发现，很多店家都是使用透明的密封瓶来保存咖啡。这是基于陈列的考量，因为店家必须要将咖啡展示出来才卖得出去。而这类咖啡店的咖啡通常很快就被卖出去了，所以因保存失当而产生不好味道的可能性可以说极小。
保存在室温10——20度C较好
咖啡在室温中味道变质之前，快点消耗完比较好。不过，如果是在不得已的情况下保存大量咖啡，且在发酸之前用不完的话，把咖啡放进冰箱保存也是一个方法。