在日常当中我们会吃很多的食物，这些食物当中不仅仅是我们在家当中自己制作出来的食物，还有很多食物是购买来的，对于购买来的食物，大家比较担心的就质量问题。其实这些食物都是需要进行微生物检测合格之后才会出现在市场的，食品微生物检测主要是对细菌数量和菌群等的检测。
1.样品前处理
相对于传统人工操作模式及重复使用的均质乳钵器和搅拌刀头，目前市场上出现品类丰富的一次性均质袋、与样品隔离的拍打式均质系统及自动化重量梯度稀释仪，不仅实现了样品前处理的自动化、标准化及批量化，而且免除了样品间的交叉污染。
2.增菌培养及分离
不论传统方法或现代检测技术，受检测灵敏 度的限制，食品样本经前处理后多需经过增菌培养、选择性分离后方可用于后续检测分析。传统微生物检测中上述两个步骤耗时长达24-96h，为整个检测流程中的关键限速步骤。因此，建立高效增菌策略以及靶标高度特异性微生物浓缩、分离系统已成为实现微生物快速检测的核心。
3.样品处理
样品处理应在无菌室内进行，若是冷冻样品必须事先在原容器中解冻，解冻温度为2～5℃不超过18h或45℃不超过15min。
4.检验
每种指标都有一种或几种检验方法，可根据不同的食品、不同目的来选择恰当的检验方法。通常所用的常规检验方法为现行国家标准，或国际标准，(如FAO标准、WHO标准等)，或食品进口国的标准(如美国FDA标准、日本厚生省标准、欧共体标准等)。
食品卫生微生物检验室接到检验申请单，应立即登记，填写试验序号，并按检验要求立即将样品放在冰箱或冰盒中，积极准备条件进行检验。
一般阳性样品发出后3d(特殊情况可适当延长)方能处理样品;进口食品的阳性样品，需保存6个月方能处理。阴性样品可及时处理。
5.结果报告
样品检验完毕后，检验人员应及时填写报告单，签名后送主管人核实签字，加盖单位印章，以示生效，并立即交给食品卫生监督人员处理。