厌氧菌其实很多人都是不清楚的，这种物质主要就是运用到医疗上面的，其实在作为药物的时候厌氧菌是有一定的消炎效果，而药效是相当于青霉素，但要比青霉素这种药物的副作用小很多的，甚至是可以在一定程度上面去降低自己伤口本身的感染几率，不过药物要经过医生同意后才能使用。
扩创和引流厌氧菌感染常伴有广泛的组织坏死，必须彻底切除，因坏死组织能降低局部Eh，有利于
厌氧菌的繁殖，这是治疗厌氧菌感染的先决条件。产气荚膜杆菌性肌炎（即气性坏疽）时肌肉广泛坏死，也必须切除，严重的甚至需要截肢。坏死性筋膜炎是较少见的厌氧菌感染，筋膜和皮肤常有广泛坏死，如不彻底切除，常难以控制感染的扩散而导致死亡。
抗生素必须选择对厌氧菌敏感的抗生素（见表6-5）。厌氧菌对氨基糖甙类抗生素常有抗药性。[color=red]大多数厌氧菌，除脆弱类杆菌外，均对青霉素G敏感。林可霉素的抗菌谱与青霉素G相仿，如病人对青霉素过敏时可选用。氯霉素几乎对所有的厌氧菌包括脆弱类杆菌在内均有效，但缺点是有骨髓抑制的危险性。厌氧菌对四环素、红霉素和氯霉素的敏感性有差异，且在治疗过程中迅速产生抗药性，氯林可霉素对厌氧菌感染的疗效优于林可霉素，但它和林可霉素一样，有时会引起致命的假膜性结肠炎。在目前的抗菌药中，疗效最好的首推甲硝唑，对所有的厌氧菌包括脆弱类杆菌有效。Sharp等（1977）发现甲硝唑的疗效优于氯林可霉素和林可霉素，此药价格便宜，即使长期使用也无严重并发症。甲硝唑不仅可口服（500mg，每日三次），灌肠（每次1～2g），最近国内已有静脉制剂，0．5%100ml，静滴每日2～3次。口服甲硝唑和静脉滴注甲硝唑在结肠手术前准备中的作用，证明这两种方法均能有效地降低伤口的感染率。
高压氧疗法
高压氧能提高组织的氧张力，抑制厌氧菌的繁殖，这一疗法是梭形芽孢杆菌感染治疗中的一个重要方面，但对于无芽孢厌氧菌感染究竟有多少价值，不少人表示怀疑。
过氧化氢
过氧化氢是治疗厌氧菌感染伤口的一种有效药物，它所释放的新生氧能杀死厌氧菌。过氧化锌糊剂则可用于治疗某些厌氧菌感染，特别是Meleney溃疡。