大三阳和小三阳的不同是指的几种指标抗原抗体的不同，大三阳和小三阳的共同指标为表面抗原、e抗体，而不同的就是大三阳是抗核抗体，小三阳是核心抗体。小三阳一般是由大三阳转化过来的，大三阳有可能是病毒携带者，就是说本人是没有病症的，而小三阳就表示已经出现了急性或者是慢性乙肝。
俗称的大三阳，即是两对半检查中，表面抗原（HBsAg）、e抗原（HBeAg）和抗核抗体（HBcAb）为阳性。
幼儿感染乙肝病毒的前数年至十余年间，病毒和机体“和平共处”，血清中表现为大三阳，因此大三阳也反映了机体中病毒在不断复制繁殖，而届时肝脏的损害通常较轻，有相当一部分被感染者，尤其是女性被感染者，病毒可长期或终身和机体“和平共处”，如此我们称为“病毒携带者”，即机体长期携带了乙肝病毒，而肝脏损害较轻，可以生活到60-70岁以上，没有明显症状，并不一定因肝脏疾病病故，他们主要起着传染源的作用。
所谓乙肝“小三阳”是指在乙肝的“两对半”检查的五项指标中，表面抗原(HBsAg)、E抗体(HBeAb)和核心抗体(HBcAb)检测均是阳性。凡出现“小三阳”，均提示急性或慢性乙型肝炎，体内病毒复制，为乙型肝炎病毒复制状态。小三阳通常是由“大三阳”转变而来，是人体针对E抗原产生了一定程度的免疫力。
遇到如下情况时，"小三阳"患者需要及时治疗。
1.有明显的症状，如疲倦、食欲不振、腹胀、肝区不适等。
2.肝功能反复波动，转氨酶、血清胆红素升高，白蛋白降低等。
3.乙肝病毒脱氧核糖核酸(HBVDNA)检查呈阳性者。
治疗原则是：恢复肝功、抗病毒、阻止肝纤维化三结合。
小三阳强调阶段性治疗的重要性
治疗乙肝一般的说法，是治到了HBV-DNA转阴，大三阳转为小三阳就万事大吉了，小三阳DNA阴性就不用再治了只需要定期复查就行了，很多病人也就不在乎了，可是在临床上却看到不少乙肝小三阳患者几年后偶然的复查却发现又回到了大三阳状态，少数病人出现了早期肝硬化，多数患者就开始抱怨，说乙肝是治不好的治好了还会反跳，其实这种现象并不奇怪，除了乙肝患者自身的原因外,主要是医生没有正确的宣传乙肝防治理念尤其是阶段性治疗方法的缺失，理由
1、目前，HBV--DNA定量方法有缺陷，当DNA定量少于一千以内就按阴性算，实际上是真的转阴了么？因为目前的检测方法只能到一千，哪怕实际的病毒量是300，还有潜在活动性，但是一千以内目前的检测灵敏度已经达不到了只能按阴性算，所以不管是西医还是中医在病人DNA‘转阴’后，都不约而同的要求病人再服用3~6个月甚至更长时间的巩固药，意图彻底把剩余的病毒抑制下去。
2、由于病毒复制模板是隐藏在肝细胞内的，目前所有的药物均无法进入肝细胞内（有些虚假广告瞄准了这一说法就宣称已经研制出了药物能进入肝细胞彻底的杀死乙肝病毒复制模板来欺骗病人），要彻底的清除病毒只能靠机体的免疫力，而免疫力随着季节的变换是动态的，这就给了残留的病毒以可乘之机，星星之火可以燎原，这就是为什么很多病人复制指标转阴了，几年后因为放松复查和阶段性治疗偶然复查发现病情加重病毒反跳的原因。
3、阶段性治疗对病人是有选择的，对于已经是小三阳、DNA阴性、肝功B超正常或偶尔轻度异常，但日常总是出现肝区不适等症状比较多的患者要选择春季或秋季进行阶段性治疗，中医理论认为，春应肝木，春天正是万物复苏、肝气生发最旺的季节。临床上相应的常可见到原本静止的肝病又从新活动，HBV-DNA和肝功能又开始波动。秋属肺金，金克肝木，秋季是肝气最易受到抑制的季节。很多肝硬化患者都在秋季发病或加重。临床经验表明季节对肝病的影响是客观存在的，所以慢性肝病患者应根据自身的状态选择合适的季节来调整和阶段性治疗，这对自身的康复是必要的。
4、临场上可供选择的药物要符合安全有效经济、耐药率低、病人依从性好，不会产生依赖或不能停药的危险等这样几条原则，吕鹏医生认为中药是最佳选择，并且可以一对一的进行个体化的处方，只要用药对证，既可以有效抑制病毒复制，又可以提升病人免疫力，消除不适症状，改善肝纤维化，恢复肝功，这些都是西药所无法达到的。
5、吕鹏医生所提出的阶段性治疗方案以每年为一疗程，每年复查并且根据病情的不同在不同季节选择三个月的服药期，其他时间停服只是日常注意饮食作息即可，经过三年到五年的阶段性治疗，会有一部分患者表面抗原转阴(每年的转阴率10%左右)，其他患者几年的肝功B超DNA都会保持正常的情况下即视为临床康复即可结束阶段性治疗，以后每隔两三年复查一次即可。