1、病菌的评定和分析。因为噬菌体感染、裂化病菌具备种特异性，能用己知的噬菌体评定不明的病菌。噬菌体融解病菌还具备型特异性。因此能用噬菌体对某一种病菌开展分析，称之为噬菌体型。如运用噬菌体可将橙黄色葡萄球菌分成23个噬菌体型、伤寒沙门菌分成96个噬菌体型。病菌的噬菌体分析在跟踪病原体和开展临床流行病学调研上具备关键实际意义。
2、评定标本采集中的不明菌。噬菌体具备严苛的寄生性，因此若从标本采集中验出某类噬菌体，则提醒该标本采集中谢有相对病菌的存有。依据噬菌体务必在活菌中才可以繁衍的特点，如将己知噬菌体与待检标本采集混和塑造，若噬菌体总数有持续上升，即便细菌培养为呈阴性，也可说明标本采集中有相对病菌存有。
3、细菌感染感染的医治。在噬菌体发觉之初，大家就考虑到将噬菌体用以抑菌医治，但因为噬菌体感染病菌具备高宽比特异性，限定了噬菌体在临床医学上的运用。近几年来因为细菌耐药日益严重，临床医学上抑菌医治遭遇着极大挑戰，因而，对噬菌体的抑菌科学研究遭受关心。临床实验及临床实验说明，在噬菌体与寄主菌严苛配型的基本上，噬菌体能合理医治病菌感染。