沙苑子的副作用可能会引起消化系统损伤，也有可能会引起过敏反应。每个人的体质不同以及摄入量的多少不同，所以产生的影响程度会有所不同。
1、消化系统损伤：沙苑子吃了以后需要被胃肠道吸收以及消化，过量吃了以后可能会引起胃肠道的负担，容易引起胃肠功能低下，可能会引起消化不良性的胃肠道胀痛以及恶心的症状，也有出现腹痛或者腹泻的可能性，会影响到营养物质的吸收和利用。
2、过敏反应：沙苑子吃了部分人群因为个人体质原因，可能会出现过敏反应，容易引起过敏性荨麻疹或者过敏性皮疹，通常会导致肌肤出现大面积的红疙瘩，会引起局部有烧灼感以及瘙痒的症状，比较严重的情况下还会引起脱皮或者溃烂。
沙苑子在吃了以后需要密切观察自身的情况，如果没有造成不适的症状，需要避免情绪过度紧张，一般不会对身体造成严重伤害。如果引起了过敏症状，需要保持肌肤的清洁，可以对局部涂抹一些消炎类的药膏，比如氧化锌软膏，同时需要内服氯雷他定分散片治疗。