干扰素这种药物虽然说可以用来治疗很多种无法根治的疾病，但是在打了干扰素以后还是会给人们的身体造成非常大的伤害，留下来一些后遗症的，最常见的就是患者会感觉到自己的心脏功能性没有以前那么好的，而且自己的血液系统也会因此出现一些病变，所以说就要防止后遗症的出现。
一般副作用
1. 流感样综合征
在首次用IFN 治疗时, 患者可出现发热、寒颤、心率加快、肌痛、头痛、关节痛、乏力、纳差等症状, 称为流感样综合征, 是IFN 最常见的不良反应。据文献统计, 近100% 患者出现发热, 体温多在38～40℃, 多发生于用药后4～8h 内, 持续4～12h。与剂量有明显关系, 并随疗程延长而减轻，少数患者发热可持续2周以上。高热的患者一定要卧床休息, 及时作降温处理, 以物理降温为主。症状明显者可给予解热镇痛剂，给予IFN 后2小时左右口服热镇痛剂可以防止热反应出现，睡前注射IFNa可减轻副反应。
2 血液系统变化
一过性外周血细胞减少，主要表现为外周血白细胞 (中性粒细胞) 和血小板减少。白细胞减少常发生于用IFN 后数小时到数日内, IFN 引起的骨髓抑制是可逆的，部分患者用药4周后可恢复，对于轻度白细胞、血小板减少患者同时服用利血生片或地榆升白片或血美安等可得到明显改善，对于白细胞严重降低者试用粒细胞集落刺激因子 (G-CSF) 或粒细胞巨噬细胞集落刺激因子。
但在IFN 治疗过程中应定期检查血象, 限制活动, 防止受凉感冒, 注意饮食卫生, 医护人员应严格无菌操作，如中性粒细胞绝对计数 ≤0.75×109/L和(或)血小板 < 50×109/L，应降低IFN-α剂量;1~2周后复查，如恢复，则逐渐增加至原量。如中性粒细胞绝对计数 ≤0.5×109/L和(或)血小板< 30×109/L，则应停药。
3 消化系统症状
表现为食欲不振、恶心、呕吐, 味觉异常和肝损伤等。部分患者可出现GOT 、GPT 轻度升高。持续食欲不振会导致营养不良、抵抗力低下, 可能成为双重感染的诱，应根据患者喜好安排饮食, 加强营养, 对于恶心呕吐者给予胃动力药预防。
对于长期消化道症状不能改善者建议换用其它抗病毒药物。对于治疗过程中GOT 、GPT大于500u/l者可暂时减少IFN 用量，加强护肝降酶治疗并主意病情变化，对于GOT 、GPT进行性升高伴胆红素上升者应及时停用IFN 。