细菌和真菌虽然在名字上非常相似，但其实这两者是完全不同的生物。大家应该都听说过细菌感染和真菌感染，这两种疾病都是人们经常会得的。但是，细菌感染和真菌感染的症状完全不同，治疗措施和使用的药物也大不一样。那么，细菌和真菌到底有什么区别呢？
细菌和真菌的名称中均有一个“菌”字，同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增殖方式和名称上却有着诸多不同:
A.生物类型的不同，
细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。
B.细胞结构不同，
细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：
一是细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。二是细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。三是细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。四是细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）。
C.细胞大小不同，
原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm；真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
D.增殖方式不同，细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
E.名称组成不同，尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例（实为乳酸杆菌）；而真菌名称中则不含有。