1.用于发热
病及小儿惊风之壮热神昏，惊厥抽搐等症。牛黄清心、凉肝，有患风止痉、定惊安神之效。常与朱砂、全蝎、钩藤等配伍，如牛黄散。
2.用于温热病热入心包，中风，惊风，疯痛等痰热豪蔽心窍所致之神昏、口噤、痰鸣等症。本品既能清心热，又能化痰、开窍醒神。
3.用于咽喉肿痛，溃烂及痈疽疗毒等热毒壅滞郁结之证。本品清热解毒力强。治疗咽喉肿痛，口舌生疮，常与黄芩、雄黄、大黄等同用，如牛黄解毒丸；若咽喉肿痛、溃烂，可与珍珠为末吹喉，如珠黄散；用治痈疽、疗毒、乳岩、瘰疬等，又与麝香、乳香、没药等合用，以清热解毒、活血散结，如犀黄丸。
4.用于高热烦燥，神昏谵语及惊痫抽搐等症。神昏谵语、惊痫抽搐，多由于高热或痰热蒙蔽清窍所引起。牛黄能清心热、豁痰浊，可收开窍定惊的功效。在临床上本品常和清热药与开窍药如黄连、黄芩、山栀、麝香等做成丸散，应用于热盛昏迷惊痛。
5.用于咽喉肿痛腐烂、各种热毒疮痈。牛黄为清热解毒要药，对热毒引起的咽喉肿痛、疮痈肿痛及一些外科疾患属于阳症者都可应用，常配合青黛、冰片等治咽喉肿痛；配金银花、七叶一枝花、甘草等治疮疡。
6.牛黄配以麝香、天竺黄、全蝎、钩藤，则豁痰开窍、清热镇痉；配黄连、黄芩、栀子、郁金、朱砂，则清热解毒、开窍安神；配青黛、珍珠、人指甲、冰片，则清热解毒、消肿定痛。