龟头流脓并小便刺痛可能是尿道炎引起，例如淋菌性尿道炎、念珠菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎等。
1、淋菌性尿道炎：淋菌性尿道炎引起原因，有可能是因为接触淋球病分泌物，也不排除可能是污染物被传染，还可能会伴有尿频、尿急等症状。
2、念珠菌性尿道炎：念珠菌性尿道炎引起的原因是念珠菌感染造成，尤其是免疫力比较低下时，也不排除可能是平时不注重个人卫生，很容易会感染。
3、非淋菌性尿道炎：非淋菌性尿道炎一般指性活跃青壮年，也有可能是性接触传染等，潜伏期大多在7天到14天左右。
除以上原因，也不排除可能是滴虫性尿道炎造成。