巧克力囊肿也叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，这是指子宫内膜异位出现的一种病变，一般情况下，子宫内膜生长在子宫的内部，如果受到女性激素等方面的影响，每个月会脱落一次，这时候就形成了月经，但是如果这种内膜碎片通过血逆进入到输卵管，进入到盆腔，就容易形成异位囊肿。
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可采用药物或（和）手术治疗（保守性或根治性）。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。
主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。
手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病最佳的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。
病因
子宫内膜异位的发生主要有三种学说：种植学说，化生学说和上皮由来学说。在卵巢子宫内膜异位囊肿的研究中以种植学说最受推崇。种植学说：Sampsan于1921年首次提出该学说。这一理论认为，异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，种植和生长。常见的传播途径有经血逆流、医源性种植、淋巴传播和血管播散等。此外还有免疫学说。