电子肠镜和肠镜最大的区别是检查部位、检查时间、舒适度有很大的不同。
1、检查部位不同：电子肠镜和肠镜都属于比较常见的一种检查方法，而电子肠镜主要是通过肛门将肠镜插入到回盲部位，而肠镜主要是检查小肠以外的所有肠道。
2、检查时间不同：电子肠镜检查通常需要10分钟到30分钟左右的时间，根据个人的病情以及配合度不同，检查的时间会存在一定的区别。而肠镜检查的时间大多数在20分钟到30分钟左右。
3、舒适度不同：这两种检查中电子肠镜舒适度较高，是在无痛的情况下做检查，引起不适的症状会减小，而且图像更加清晰。普通肠镜副作用较大，会对肠胃产生刺激，舒适度不是很高。