早上起床吐痰是褐色有可能是扁桃体炎、咽喉炎、支气管炎等原因，要根据原因对症治疗。
1、扁桃体炎：有可能是扁桃体细菌性感染引起，容易使局部出现水肿和充血，还可能会引起痰液较多核出现痰液褐色。可以在医生指导下使用阿莫西林胶囊、头孢克肟片、头孢拉定胶囊等药物治疗。
2、咽喉炎：一般是咽喉部位感染金黄色葡萄球菌等原因，容易使咽喉部位出现发炎会引起分泌物增多，还会出现有痰和痰液褐色症状。可以遵医嘱使用阿奇霉素片、罗红霉素胶囊、盐酸氨溴索口服液等药物治疗。
3、支气管炎：多数是支气管部位感染细菌引起，容易使黏膜水肿和充血，使患者出现痰液较多和吐痰是褐色。可以遵医嘱使用阿奇霉素片、止咳糖浆、氨溴索口服液等药物治疗。
除以上原因以外，也可能是出现了肺炎等原因，需要做相关检查和治疗。