怀孕两周肚子隐隐作痛是生理性原因、宫外孕、泌尿系统感染等原因，需要到医院妇科做腹部B超、尿常规、抽血化验等多项检查项目。
1、生理性原因：在怀孕两周时候，受精卵已经着床在子宫内不断生长发育，随着胚胎生长盆腔出血，子宫增大会拉扯韧带引发肚子疼痛，由于生理性原因引起，这时候要注意休息。
2、泌尿系统感染：在怀孕后身体抵抗力会有所下降，没有做好个人清洁卫生，有可能会引发泌尿系统感染，在小便时候会伴有疼痛感，也会有腹部疼痛，临床症状不是特别严重，可以多喝水，做到清淡饮食，能起到改善作用。
3、宫外孕：受精卵着床在子宫以外位置会不断生长发育，对周围组织造成压迫，也会引发腹部隐隐作痛，特别容易引发破裂出血，需要终止妊娠。
急性胃肠炎、阑尾炎和卵巢囊肿扭转等原因，也有可能会引发腹部疼痛。