眼睛进水很痛可能是水不干净、眼疲劳、结膜炎等因素导致。
1、水不干净：在水不干净的情况下是不能够触碰眼睛，很有可能会导致里面的细菌进入到眼睛当中，从而导致眼睛出现疼痛，平时应该选择使用比较干净的水。
2、眼疲劳：眼疲劳主要是用眼过度所引起的，而在眼睛碰水的过程当中也会产生一定的刺激感，从而就会导致眼睛出现肿痛，则可以通过做眼睛保健操或者是热敷眼睛等方法来进行改善。
3、结膜炎：结膜炎主要是指覆盖在白色眼球表面或者是眼睑内表面的一种结膜组织炎症，会导致眼睛出现疼痛，碰水之后的疼痛感会比较明显，还需要通过使用左氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液和诺氟沙星滴眼液来进行治疗。
眼睛进水很痛不排除是角膜上皮损伤所引起。