孕3个月肚子隐隐作痛可能是正常生理现象，也不排除是胃肠功能紊乱和先兆流产等因素所致，还需要到医院检查之后才能确定。
1、正常生理现象：随着妊娠周期增长，胎儿体积不断增大，有可能会对韧带组织造成牵拉，从而引起腹部疼痛，一般属于正常现象。
2、胃肠功能紊乱：可能是暴饮暴食或者过度摄入油腻性食物所致，会加重胃肠道负担，也会导致胃肠功能紊乱，从而引起恶心呕吐和腹部疼痛。可遵医嘱服用乳酸菌素片和双歧杆菌三联活菌散等药物治疗。
3、先兆流产：在做了剧烈运动或者体内运动不足情况下，都有可能会造成先兆流产，也会引起下腹部坠胀感和阴道出血。可配合医生服用黄体酮胶囊或使用黄体酮注射液等药物治疗。
除此以外，也不排除是急性胃肠炎、胃炎、自然流产等因素所致，还需要尽快治疗改善。