胎儿侧脑室分离的原因一般和发育异常有关系，可能是因为外界环境因素、母体因素、先天胚胎发育异常等，有必要的情况下要及时配合医生终止妊娠。
1、外界环境因素：在怀孕期间，如果长时间的在污染的环境中，比如在射线污染环境中，可能会影响到胎儿的正常生长发育容易引起侧脑室分离，避免在污染的环境中，可以降低胎儿发育异常的可能性。
2、母体因素：在怀孕期间，如果母体存在妊娠期糖尿病、高血压等疾病，可能会导致侧脑室分离，在怀孕期间要控制好慢性疾病，能够降低侧脑室分离的可能。
3、先天胚胎发育异常：先天胚胎发育异常，也可能会出现脑部发育畸形，容易伴有脑室分离，轻微的情况下可以继续怀孕，如果严重的情况下要及时引产。
除了以上原因以外，也有可能是因为吸烟、喝酒等，要做好意外的预防。