怀孕40天肚子隐隐疼是生理性原因、先兆流产、异位妊娠等，需要到医院妇产科做腹部B超和血常规检查，在医生指导下做治疗，才能有利于疼痛症状缓解。
1、生理性原因：在怀孕后精子和卵子结合形成受精卵会茁壮在子宫内不断生长发育，由于胚胎生长会拉扯到腹部韧带，有可能会出现肚子隐隐作痛，属于正常生理反应，不要做重体力劳动。
2、先兆流产：在怀孕早期身体会处于不稳定状态，情绪太过激动或者做了重视力劳动也有可能会引发先兆流产，伴有腹部疼痛以及阴道出血等状况，要在医生指导下服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、保胎丸等药物来做保胎治疗。
3、异位妊娠：是受精卵不放在子宫以外为主，随着胚胎生长，也会对周围组织造成压迫，引发轻微疼痛，明确诊断后要终止妊娠。
胃炎、消化不良和肠炎等肠胃疾病也有可能会引发腹部疼痛，要做针对性治疗。