消化道畸形婴儿因为机型不同表现有所不同，比如胃食道反流，部分婴儿吃奶后发生呕吐，平常时更加明显，婴儿往往会有呛咳，也有许多婴儿是因为呼吸道感染，包括支气管炎。
婴儿消化系统畸形可能是因先天性消化系统闭锁而出现，不能顺利进食排便、腹胀、呕吐等症状。除此之外像先天性巨结肠，许多婴儿就是便秘，出生后，便秘越来越加重趋势，婴儿不能自己排便，部分小孩临床上会出现明显腹胀，出现这种情况应及时到医院做检查，在医生指导下对症治疗。
在日常生活中饮食清淡为主，避免吃辛辣、刺激性食物，能良好生活习惯，保证充足睡眠。