霉菌性食管炎一般可以在医师指导下服用抗真菌药物、解痉止痛药物，抑制胃酸分泌药物等治疗。
1、抗真菌药物：霉菌性食管炎可能是不注重饮食卫生的因素所造成，需要在医师指导下通过服用制霉菌素片、伊曲康唑胶囊、布替萘芬片等药物治疗，能起到抗真菌的作用，帮助临床症状逐渐改善。
2、解痉止痛药物：霉菌性食管炎一般会伴随着患者出现胃部疼痛的症状，需要在医师指导下通过服用山莨菪碱片、奥芬溴铵片、硝苯地平片等药物治疗，能帮助疼痛症状逐渐减轻。
3、抑制胃酸分泌药物：霉菌性食管炎一般还会伴随着胃酸分泌以及恶心呕吐和反酸水的症状，需要在医师指导下通过服用雷贝拉唑钠肠溶片、奥美拉唑肠溶胶囊、兰索拉唑肠溶胶囊等药物治疗。