克林霉素属于抗生素类药物，对厌氧菌的抗菌作用非常好，主要用于泌尿系统、呼吸系统、生殖器、腹腔及软组织等感染的治疗。虽然这种抗生素疗效非常显著，但是副作用也是不容忽视的，正所谓是药三分毒，使用抗生素必须严格遵照医嘱，切忌随意增大用量或按自己的用法服用克林霉素。
1、过敏性休克
典型病例：患者，男性，18岁。因急性上呼吸道感染给予盐酸克林霉素注射液0.9g静脉滴注，5分钟后患者主诉头晕，大汗淋漓，面色苍白；测血压 60/40mmhg，继而神志不清。立即停止输液，吸氧，给予肾上腺素1毫克，地塞米松10毫克治疗。5分钟后患者神志清醒，上述症状好转。
2、急性肾功能损害、血尿
典型病例：患者，女性，44岁。因咽痛、发热，给予克林霉素磷酸酯注射液1.8g加入生理盐水150 ml中静脉滴注，输注后约1小时，患者出现血尿，为全程血尿，尿内无血丝血块，伴腰酸，尿少，次日查肌酐459.5umol/l，诊断为急性肾功能衰竭。
3、严重心血管和呼吸抑制
克林霉素未经稀释直接推注或大量快速静滴可引起严重心血管和呼吸抑制不良反应，所以克林霉素注射剂需稀释至6mg/ml，注射速度≤30mg/min。即0.6g克林霉素磷酸酯至少稀释于100ml液体内，滴注时间应在20分钟以上，每次不得超过0.6g。
4、消化道反应
在应用克林霉素时要密切观察克林霉素停药后的消化道不良反应。克林霉素在肝脏中代谢，只有10％经肾脏排泄，半衰期为2～4小时，注射给药其肠道抗菌活性可保持5天以上，因此在停药后结肠内细菌仍可受其抑制。
克林霉素引起的消化道反应主要临床表现是恶心、呕吐、腹痛、腹泻等消化道症状。约10～30％的患者可出现腹泻，1～3％患者可发生伪膜性肠炎（难辨厌氧杆菌引起），腹泻常出现于4～9天，与药物直接刺激和/或肠道菌群紊乱相关，而在老年及严重患者更为常见。临床研究表明，注射给药引起的伪膜性结肠炎为口服给药的1/3-1/4。
克林霉素所致的伪膜性肠炎的处理：轻症可单独停药，中、重度患者需补充水、电解质，必要时口服甲硝唑250～500mg，一日3次，如复发可再服用甲硝唑，在无效时改用万古霉素口服125～500mg，每6小时一次。万古霉素作为二线用药，是为了防止耐万古霉素肠球菌（vre）的产生。
为预防或避免消化道不良反应，在用药期间禁用抗蠕动止泻药如*类和洛哌丁胺等，避免应用吸附性止泻药如蒙脱石或含白陶土止泻药等，以免引起腹泻或导致腹泻延长和加重。
5、肝功能异常
有些患者在应用克林霉素后会出现血清转氨酶升高及黄疸，但无肝病毒指标。多数为一过性，停药后即可消失。早期资料常描述为“可能有肝损害”。近期资料表明：转氨酶升高主要与肌肉注射时损伤局部肌肉，同时与克林霉素磷酸酯及其代谢产物干扰转氨酶测定时的比色结果有关，并非肝细胞损伤所致，但克林霉素主要在肝中代谢，因此严重肝功能不全时应慎用。
6、皮肤损害
主要表现为多行性红斑、皮疹、皮炎、脓疱、口唇破溃、眼睑充血、瘙痒、过敏性紫癜等皮肤损害，这是克林霉素临床常见的血管变态反应性疾病，因机体对某些致敏物质发生变态反应，导致小动、静脉及毛细血管的通透性和脆性增加，发生血液渗出，产生皮肤、粘膜及某些器官出血，可同时伴有血管神经性水肿、荨麻疹等其他过敏症状。
7、局部反应
肌肉注射后，在注射部位偶可出现轻微疼痛。长期静脉滴注可能会引起血栓性静脉炎。
克林霉素磷酸酯静滴可引起静脉炎，肌注局部可出现疼痛、硬结及无菌性脓肿。其它不良反应尚有皮疹、皮肤瘙痒，偶出现剥脱性皮炎；可出现肝、肾功能异常，一过*粒细胞减少等。
8、血液系统
口服或肌注均可引起中性粒细胞、白细胞减少，血小板缺乏，血小板减少性紫癜，一般较轻微，停药后即可恢复正常。
9、神经肌肉阻滞作用
应密切观察并监护克林霉素与呼吸抑制药、其它神经肌肉阻断药合用中的不良反应，如与*类镇痛药合用，克林霉素的神经肌肉阻滞作用与*类药物的中枢互相抑制作用累加而导致呼吸抑制或麻痹的可能。神经肌肉接头阻断作用，可能与血压下降，呼吸、心跳停止，休克样反应有关。
10、急性喉水肿
急性喉水肿是变态反应中少见的一种表现，导致急性喉阻塞，引起呼吸困难，吸气性喉鸣，口唇轻度发绀，烦躁，起病快，病情发展迅速，如果抢救不及时可出现窒息、死亡。