生殖器上长寻常疣，一般可以在医生的指导下通过药物治疗、冷冻疗法或者激光等方法进行治疗。建议患者可以根据不同情况采取相对应的治疗手段。
1、药物治疗：如果患者生殖器上的寻常疣不是特别多，也不大的情况下，可以在医生的指导下通过药物进行治疗，常用药物有咪喹莫特乳膏、酞丁安乳膏等。
2、冷冻疗法：患者也可以在医生的指导下，通过冷冻疗法，比如用液氮冷冻器进行损害疣体，达到治疗的目的。
3、激光治疗：寻常疣也可以在医生的指导下，通过激光紫外线照射的方法进行治疗。
除此之外，长寻常疣也可以在医生的指导下，根据寻常疣的大小以及范围比较多的情况下，通过手术的方法进行治疗。