胆管扩张症若利用应用解痉剂以及抗生素缓解症状无效时，宜采用手术方法进行治疗。主要治疗方法有：
一、外引流术
应用于个别重症病例，如严重的阻塞性黄疸伴肝硬变，重症胆道感染，自发性胆管穿孔者，待病情改善后再作二期处理。
二、囊肿与肠道间内引流术
如囊肿十二指肠吻合术，因有较多的并发症，胆管炎的反复发作、吻合口狭窄、结石形成等，以后转而采用囊肿空肠Roux-en-Y式吻合术，并在肠襟上设计各种式样的防逆流操作，但仍存在胰胆合流问题，因而术后还是发生胆管炎或胰腺炎症状，甚至需要再次手术，且术后发生囊壁癌变者屡有报道。所以目前已很少采用。
三、胆管扩张部切除胆道重建术
近年主张具有根治意义的切除胆管扩张部位以及胆道重建的方法，从而达到去除病灶，使胰胆分流的目的。可采用生理性胆道重建术，将空肠间置于肝管与十二指肠之间，或加用防返流瓣，或采用肝管空肠Roux-en-Y式吻合术、肝管十二指肠吻合术等，均能取得良好效果。主要的是吻合口必须够大，以保证胆汁充分引流。
温馨提醒：胆管扩张症患者应根据自身的症状，在医生的指导下科学地治疗，不要排斥手术，也不应自己盲目用药，这样只会使症状加重，从而增加治愈的难度。