中医治疗幽门螺杆菌主要是通过抑制及消除其致病菌，提高患者的机体防御功能，从而筑起保护胃黏膜的屏障，同时也能改善胃肠功能，使胃黏膜恢复功能，最终达到扶正祛邪的目的。
1、脾胃湿热型：脾胃湿热型，胃脘灼痛，大便干结，舌苔黄腻，检查发现幽门螺杆菌呈阳性，这个时候要根据清热除菌的原则来治疗，主要是以清热除菌为主，主要是大黄、黄连、黄芩、地丁、蒲公英、槟榔、丹参、半夏、半枝莲等中药材;
3、脾胃虚弱型：脾胃虚弱的人还会出现胃脘隐痛，空腹常有隐痛，需要吃东西才能缓解，而且还伴有舌苔薄白，经过检查可以发现幽门螺杆菌呈阳性，建议以健脾除菌、黄芪、肉桂、高良姜、蒲公英、百合、乌药、黄连、甘草等一起煎药服用，中医治疗幽门螺杆菌能起到根本调理作用，效果非常显著。