东莨菪碱和山莨菪碱的区别是药物成分不同，治疗的疾病也存在一些差异。
1、药物成分：东莨菪碱是从洋金花当中提取的，属于一种有机物，也是颠茄中药理作用最强的一种生物碱，山莨菪碱是从植物山莨菪中提取出来的一种有机化合物。
2、治疗的疾病不同：东莨菪碱能够抑制中枢神经系统，可以起到止咳平喘的作用，也可以用于镇静以及催眠，对于睡眠质量不好的患者，或者是患有狂躁症的患者，有很好的治疗效果，如果患有较为严重的乙型脑炎出现了呼吸衰竭，也可以通过这种药物来缓解，同时对于存在支气管哮喘或者是哮喘性支气管的人群也有很好的辅助治疗效果，但是也有一些人全部可以使用，比如患有心脏病或者是易过敏体质的人群，在使用之后有可能会出现副作用或者不良反应。山莨菪碱能够解除微血管痉挛以及改善血液的微循环，同时也可以抑制消化道腺体分泌，通常用于治疗胃肠道疾病以及输尿管痉挛所引起的脚痛有很好的治疗效果，也可以用于治疗多种神经痛。
在用药的时候需要遵医嘱，医生会根据患者的病情来选择适合的药物服用。