醋五味子的副作用会对消化系统造成刺激或者是出现过敏等，具体的副作用要根据个人体质和用药量来决定。
1.对消化系统造成刺激：五味子属于一种比较常见的中药材，用醋浸泡属于一种比较常见的泡制方法，可以提高药效，在服用醋五味子时用药量比较大或者是在空腹的时候服用，有可能会对消化系统造成刺激，还会引起胃肠道不适，会伴随着食欲下降或者是腹部疼痛以及恶心呕吐等副作用，出现药物的副作用需要适当减少用药量或者是调整用药时间，可以有效的缓解，还可以提高治疗效果。
2.过敏：敏感体质或者是对醋五味子比较敏感的人群在服用药物之后有可能会出现过敏反应，会对皮肤造成刺激，会在皮疹出现红色的疹子，还会伴随着局部有灼热感或者是瘙痒以及疼痛等副作用，个别人在服用醋五味子之后还会对呼吸系统造成刺激，会伴随着咽喉干痒和咳嗽，或者是呼吸急促以及打喷嚏等副作用，醋五味子在服用之后出现过敏反应，需要立刻停止用药，还要在医生指导下服用氯雷他定治疗。