板蓝根冲剂为关键的抗病毒治疗中药材，每每有病毒性感染病症时兴时，板蓝根冲剂就会变成供不应求、火热的中药材。最近有许多 地区用南板蓝根立即替代板蓝根冲剂当药，它是不当之处的。由于二者来源于、成份和药用价值等层面是有差别的。
来源于不一样：板蓝根冲剂为十字花科绿色植物菘蓝的干躁根。南板蓝根为爵床科绿色植物马蓝的干躁根。
使用量不一样：板蓝根冲剂清热去火，祛瘀利咽。用以温毒发斑、舌绛紫暗、痄腮、喉痹、烂喉丹痧、丹毒、痈疮等。常用量为9～15克，水泡服。南板蓝根作用与板蓝根冲剂类似，能清热去火，祛瘀利咽。用以温毒发斑、风热感冒、咽喉肿痛、痄腮、丹毒、流行性感冒乙型脑炎、肝炎等。常用量为10～30克。
药用价值有差别：板蓝根冲剂水浸液对橙黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、伤寒杆菌、甲型链球菌感染、肺炎双球菌、流感链球菌、脑膜炎双球菌均有抑制效果。
板蓝根冲剂注射液对甲型流感病毒、乙型脑炎病毒感染、腮腺炎病毒感染、感冒病毒有抑止感染及繁衍功效，板蓝根冲剂还具备抗大肠杆菌毒素累积的功效。从退热、抗感染实验結果较为，板蓝根的作用好于南板蓝根。现阶段相关南板蓝根的科学研究材料尚少，因此说，南板蓝根与北板蓝根冲剂是不能相互之间取代的。